La Madre Elisa Jaramillo Botero, en su afán de proteger, formar en vida cristiana y educar a la niñez más desprotegida de la sociedad de su tiempo, quiso fundar una congregación para que se ocupara con ella a llevar adelante su idea ya que en ese momento tenía serios problemas de salud y fue así como intentó iniciar su obra en Medellín pero allí no tuvo eco por parte de la Jerarquía de su tiempo y aconsejada por su gran amiga, la Madre Laura Montoya Upegui, fundadora de la Hermanas Misioneras de María Inmaculada, emigró a Popayán Cauca donde fue recibida paternalmente por Monseñor Diego María Gómez Tamayo, arzobispo de turno y quien le dio el permiso de fundación; además les facilitó el Santuario de Belén y allí como Jesús nació en Belén de Judá, nuestra congregación nace en Belén de Popayán en situaciones similares de pobreza pero con un corazón lleno de alegría por la presencia del Amo y porque su idea de fundación comenzaba a hacerse una realidad. El 25 de Marzo de 1936 nace la congregación con la profesión temporal de la Madre Elisa y cinco compañeras más.
Qué bonito regalo da el Señor a esta querida Iglesia de Popayán, Departamento del Cauca. Más adelante la Madre Elisa emigra a Palmira para abrir allí una casa para sus niños pobres pero muy pronto Dios la llama a participar de los bienes eternos en el paraíso.
En el año de 1947 se abre en Popayán un internado para niñas y niños pobres e hijos de los leprosos de Agua de Dios en la antigua casa de la moneda. Años más tarde se inició la educación básica primaria y en el año 1998 se amplió la educación con la básica secundaria y luego se logró la aprobación de la educación media vocacional. En el año 2003 el Colegio Hogar Madre de Dios entregó a la sociedad el primer grupo de señoritas bachilleres.